La actual basílica es el resultado de la fusión de dos templos que fueron levantados en épocas diferentes, uno de ellos es la basílica del Patrocinio de finales del siglo XVII. Esta era un poco estrecha por lo que le fue adicionada en paralelo otra capilla en 1946, completando de esta forma el conjunto que hoy se conoce como la Basílica del Cristo de la Expiración. La primitiva construcción es el acceso principal al templo, además de ejercer su función como capilla sacramental, consta de planta rectangular y una sola nave de tres tramos cubierta bóveda de cañón. A un lado, después de pasar un arco protegido por una reja, se encuentra la nueva capilla que fue adosada entre las décadas 40 y 60, tiene planta de cruz latina y se cubre con bóveda de cañón con arcos fajones y lunetos. El centro del crucero tiene una cúpula con linterna que evoca la arquitectura barroca local; un detalle que contrasta con la sobria ornamentación neoclásica que hay al interior de la Basílica del Cristo de la Expiración.